Wegens de achteruitgang die de hazelmuis overal in Europa kent, heeft ze een beschermde status gekregen. Ze is opgenomen in de bijlage III van het Verdrag van Bern. Hierdoor is niet enkel de bescherming van het diertje vereist (met verplichting tot herintroductie indien noodzakelijk), maar ook van haar habitat.

Daarnaast is de hazelmuis ook opgenomen in de bijlage IV van de Europese Habitatrichtlijn (van toepassing in Vlaanderen via het Soortenbesluit uit 2009). Hierdoor is ze strikt beschermd en is het verboden haar opzettelijk te vangen of te doden, opzettelijk te verstoren of haar voortplantings- of rustplaatsen te beschadigen of te vernielen. Er moet ook toezicht gehouden worden op het bij toeval vangen en doden, om vervolgens ervoor te zorgen dat dit niet nadelig is voor de soort.

Op de Rode Lijst van de zoogdieren in Vlaanderen (1994) staat de hazelmuis als ‘bedreigd’ genoteerd. Op basis van onze recente inventarisaties zal dit bij een herziening van de Rode Lijst waarschijnlijk gewijzigd moeten worden naar ‘met uitsterven bedreigd’.